Crónica oculta del conflicto, su último libro, es el fruto de cuatro años de búsqueda y elaboración de materiales sobre el tema de la paz y la guerra en la Colombia actual. Concebido en una forma periodístico-ensayística combina la crónica y el análisis junto con el reportaje. Este libro muestra las dificultades y las contradicciones del proceso de paz, pero relacionado (cuando es necesario para su mejor comprensión) su laberíntico proceso con las determinaciones estructurales del tipo sociedad que padecemos con su pasado cargado de violencia e injusticia. La investigación de Magil resulta aleccionadora para un futuro proceso de paz porque aclara cómo la violencia es generada en lo alto de la pirámide social por poderes económico-políticos muy concentrados, que consideran que sus intereses exigen la represión y el castigo de todo intento de democratizar la sociedad colombiana, implantando la criminalidad como negocio. Los movimientos "subversivos" no son pues la raíz del conflicto social, sino una de sus consecuencias, de modo que al achacar a las Farc y el Eln el origen de la guerra, se confunde el efecto con sus causas eficientes. Sin embargo, la situación actual exige un cuestionamiento de la lucha armada y su supuesta eficacia para cambiar favorablemente el proceso y es preciso clarificar las ilusiones en que algunos sectores ha suscitado. La sociedad civil debe organizarse, conquistar el derecho a la oposición crítica y participar activamente en la conquista de la paz.